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El espantoso Halcón Rojo, que se pensaba que había sido destruido hace mucho tiempo por los mejores comandos de la Tierra, Mad Dog y Scorpion, se ha levantado de nuevo, esta vez muy enojado y sediento de venganza. Sus ejércitos marchan por las ciudades, por las tierras, con la intención de exterminar a la raza humana como a una plaga de pulgas. Dos comandos, Jimbo y Sully, se han presentado ahora para derrotar a Red Falcon y salvar lo que queda del mundo de sus horribles planes.
The Alien War es la tercera entrega de la serie Contra. Al igual que sus predecesores, es un juego de disparos predominantemente de desplazamiento lateral con un gran énfasis en la acción. El protagonista puede llevar dos armas (a diferencia de una en las entregas anteriores) y disparar en ocho direcciones cuando está parado. Las nuevas habilidades incluyen escalar paredes, agarrar postes y tanques de navegación. Algunas partes de los escenario pueden ser destruidas.
En algunos casos, el protagonista también participará en los fases de motocicleta. Dos etapas tienen una vista de arriba hacia abajo y se juegan de manera diferente a los niveles de desplazamiento lateral, con más libertad de exploración y la necesidad de completar los objetivos de la misión en lugar de simplemente avanzar en una dirección y matar a todos los enemigos.
